|
|
Dermatofyty izolované ze srsti volně žijících hlodavců
Žárová, Štěpánka ; Čmoková, Adéla (vedoucí práce) ; Mašínová, Tereza (oponent)
Dermatofyty (řád Onygenales, Ascomycota) jsou mikroskopické vláknité keratinofilní houby, které mohou způsobovat kožní infekce známé jako dermatofytózy. Nejdiverzifikovanější a zároveň nepříliš prozkoumaný rod Arthroderma prošel v nedávné době revizí (Míková 2018), která položila základy pro další výzkum. Tento rod zahrnuje zejména druhy s předpokládaným rezervoárem v půdě. Nedostatek informací o jejich ekologii a častá izolace některých druhů ze srsti volně žijících savců (především hlodavců) by však mohly vypovídat o silné vazbě na hostitele. Hlodavci by tak mohli představovat skrytý rezervoár těchto druhů. Pro účely této práce jsem vybrala tři ekologicky rozdílné druhy hlodavců: myš domácí, myšici lesní a norníka rudého. Izoláty jsem získala ze stěrů srsti asymptomatických jedinců, které jsem kultivovala na selektivním mediu. Získané kmeny (n = 30) jsem následně molekulárně identifikovala. Na základě tří vysoce variabilních úseků DNA (ITS, tubb a tef1α) jsem izoláty zařadila do fylogenetické analýzy vycházející z monografie rodu Arthroderma (Míková 2018). Dále jsem charakterizovala fenotyp vybraných izolátů s použitím morfologických a fyziologických dat včetně schopnosti rozkládat keratin a produkovat siderofory. U některých kmenů jsem na základě zjištěných MAT genů za pomoci nově navržených...
|
|
|
Dermatofyty izolované ze srsti volně žijících hlodavců
Žárová, Štěpánka ; Čmoková, Adéla (vedoucí práce) ; Mašínová, Tereza (oponent)
Dermatofyty (řád Onygenales, Ascomycota) jsou mikroskopické vláknité keratinofilní houby, které mohou způsobovat kožní infekce známé jako dermatofytózy. Nejdiverzifikovanější a zároveň nepříliš prozkoumaný rod Arthroderma prošel v nedávné době revizí (Míková 2018), která položila základy pro další výzkum. Tento rod zahrnuje zejména druhy s předpokládaným rezervoárem v půdě. Nedostatek informací o jejich ekologii a častá izolace některých druhů ze srsti volně žijících savců (především hlodavců) by však mohly vypovídat o silné vazbě na hostitele. Hlodavci by tak mohli představovat skrytý rezervoár těchto druhů. Pro účely této práce jsem vybrala tři ekologicky rozdílné druhy hlodavců: myš domácí, myšici lesní a norníka rudého. Izoláty jsem získala ze stěrů srsti asymptomatických jedinců, které jsem kultivovala na selektivním mediu. Získané kmeny (n = 30) jsem následně molekulárně identifikovala. Na základě tří vysoce variabilních úseků DNA (ITS, tubb a tef1α) jsem izoláty zařadila do fylogenetické analýzy vycházející z monografie rodu Arthroderma (Míková 2018). Dále jsem charakterizovala fenotyp vybraných izolátů s použitím morfologických a fyziologických dat včetně schopnosti rozkládat keratin a produkovat siderofory. U některých kmenů jsem na základě zjištěných MAT genů za pomoci nově navržených...
|
|
|
Ověření druhových hranic mezi klinicky významnými geofilními druhy Arthroderma
Míková, Ivana ; Hubka, Vít (vedoucí práce) ; Dobiáš, Radim (oponent)
Rod Arthroderma zahrnuje převážně geofilní druhy dermatofytů (přirozeně se vyskytující v půdě). Některé druhy, zejména zástupci někdejšího Trichophyton terrestre komplexu, příležitostně způsobují dermatomykózy u lidí a zvířat. Mezidruhové hranice v tomto komplexu byly v minulosti určovány převážně na základě biologického konceptu druhu, tedy za pomocí in vitro křížících experimentů. Platnost těchto téměř 70 let starých závěrů ale dosud nebyla testována za pomoci moderních taxonomických metod. V této práci bylo zahrnuto celkem 194 izolátů rodu Arthroderma (včetně všech dostupných ex-typových kmenů) pocházejících převážně z USA, Kanady a Evropy, které byly izolovány nejčastěji z půdy (n = 77), zvířat (n = 50), lidského klinického materiálu (n = 41) a jeskynního sedimentu (n = 9). Primárním cílem této práce bylo objasnění hranic mezi druhy A. insingulare, A. lenticulare a A. quadrifidum, které se řadily do T. terrestre komplexu kvůli zdánlivě identickému nepohlavnímu stádiu. Dále měla práce ozřejmit vzájemné vztahy mezi druhy Arthroderma pomocí vícegenové fylogeneze a zjistit, které druhy jsou medicínsky významné. Vícegenová fylogeneze rodu Arthroderma byla založená na sekvencích oblasti ITS rDNA a genech pro β-tubulin (TUB2) a translační elongační faktor 1α (TEF1α). Rod Arthroderma byl dle fylogeneze...
|
|
|
Molekulární metody v taxonomii a epidemiologii dermatofyt
Čmoková, Adéla ; Hubka, Vít (vedoucí práce) ; Hamal, Petr (oponent)
V bakalářské práci jsem se zabývala úlohou a aplikací molekulárních metod v taxonomii a epidemiologii dermatofyt a otázkou jejich druhového konceptu. V první části jsem se věnovala zhodnocení výhod a nevýhod současných druhových konceptů a jejich problematickou aplikací u skupiny dermatofyt. V druhé části jsem se zaměřila na molekulární metody používající genetické markery ke studiu fylogenetických vztahů a diskriminaci dermatofyt, např. metodu PCR-RFLP, PCR-fingerprintové metody a sekvenaci, kde jsem se věnovala především cílovým genům a jejich rozlišovací schopnosti. V poslední části práce jsem zmapovala molekulární metody užívané k typizaci izolátů na nižší než druhové úrovni, mezi které patří např. analýza mikrosatelitů, PCR-fingerprintové metody, multilokusová sekvenční typizace a jejich konkrétní případy využití v epidemiologii.
|
host ::
RSS.